En 2012, le Parc national a été réformé en profondeur. A l'issue d'une concertation avec les acteurs locaux, l'espace du parc national se trouve totalement reconfiguré. Il comporte aujourd'hui :

• deux « cœurs », espaces de protection et d'accueil du public constitués de l'île de Port-Cros et des espaces naturels, propriétés de l'Etat et de l'île de Porquerolles ainsi que leur frange marine jusqu'à une distance de 600 m,
• une « aire d'adhésion », espace de projet de développement durable élaboré avec les communes de La Garde, Le Pradet, Hyères-les-Palmiers, La Croix-Valmer et Ramatuelle,
• une « aire maritime adjacente », réplique en mer de l'aire d'adhésion qui couvre l'espace marin au droit de La Garde à Ramatuelle et étendue jusqu'à 3 milles marins au sud des îles d'Hyères.

Le premier juillet 2016, un arrêté du préfet de la région Provence-Alpes-Côte d’Azur consacrait le nouveau périmètre du parc national de Port-Cros, y intégrant les communes signataires de la charte du Parc national de Port-Cros  : Hyères-les-Palmiers, La Croix-Valmer, La Garde, Le Pradet et Ramatuelle.

Le Parc national administre le Conservatoire botanique national méditerranéen de Porquerolles, chargé de la sauvegarde de la flore sauvage et des variétés fruitières menacées de Méditerranée. Le Parc national de Port-Cros est chargé, depuis 1999, d'une mission de coordination pour la mise en place et le suivi du Sanctuaire International pour les Mammifères Marins (Pélagos) qui est le fruit d'un accord tripartite entre l'Italie, la Principauté de Monaco et la France. Le rôle de la partie française de l'accord, gérée par le Parc national de Port-Cros est d'animer et coordonner les initiatives et actions en faveur des mammifères marins en lien avec les différents acteurs concernés (services de l'Etat, collectivités territoriales, professionnels des transports, de la pêche et du tourisme, scientifiques et associations)