L'Europe soutient les actions du Parc national de Port-Cros en faveur de la protection et de la valorisation de l'environnement.
Sur la période 2014-2020, le Parc national de Port-Cros est partenaire de plusieurs projets européens de coopération (programmes Interreg Marittimo, Interreg Med et LIFE).
Ces projets permettent au Parc national de participer à des actions de collaboration transfrontalière avec des acteurs du pourtour méditerranéen engagés dans la protection de l'environnement (gestionnaires d'aires protégées, Régions, Départements, Centres de recherche) et de financer les projets du programme d'action pluriannuel.