Les habitants des îles d'Hyères eurent à subir les pillages des pirates barbaresques dès le XII siècle. Parmi les pilleurs sarrasins, le célèbre Khizir Khayr ad-Dîn, dit Barberousse. Grand amiral de l'Empire ottoman, né en 1466 dans l'île de Lesbos, Barberousse fut proclamé roi d'Alger par les corsaires et les soldats. En 1531, l'Amiral génois Andrea Doria, au service de l'Espagne, se fit fort de le vaincre à Cherchell. Il subit une défaite historique et 400 Espagnols y furent tués. Barberousse poursuivit la flotte espagnole en déroute et ravagea au passage les côtes italiennes et la Provence.
En juin 1530, douze de ses galères feront escale sur les îles de Porquerolles, Port-Cros et Le levant. Les pirates pilleront et dévasteront les îles, si bien que le roi François 1er, sensible au suppliques des îliens terrorisés par les Maures, se rendra sur les îles en 1531 et ordonnera la consolidation des fortifications existantes. Le fort Sainte-Agathe de Porquerolles sera rebâti et l'île de Port-Cros se dotera d'un Château. En 1533, Barberousse, convoqué à Constantinople par Soliman le Magnifique, fut nommé Grand Amiral de la Flotte Ottomane par le Sultan. Confiant, il enchaîna les conquêtes à travers la Méditerranée et sema la terreur sur ses côtes auprès de la population par des atrocités, des pillages... En 1535, dix galères, quinze galiotes et dix-sept fustes pillent les îles d'Hyères. Charles-Quint franchit le Var à la tête d'une armée de 50 000 hommes et envahit la Provence. La ville d'Hyères est épargnée, contrairement aux îles... François 1er demanda alors à Soliman II d'envoyer sa flotte contre l'envahisseur. Barberousse sortit pour la quatrième fois avec cent galères, pillant et saccageant la Calabre. Puis il assiégea Nice qui préféra se rendre aux Français. Barberousse, bey d'Alger, premier Capitan-Pacha hivernera dans la rade de Toulon et à Hyères. De retour sur Constantinople il attaqua l'Ile d'Elbe. Il décéda le 4 juillet 1546 à la veille de ses 80 ans. Charles Farine, publiera un ouvrage historique en 1869 "Deux Pirates au XVIè siècle - histoire des Barberousse" aux éditions Paul Ducrocq décrivant cette funeste période.
«...Presque tous les habitants de Toulon durent quitter la ville, abandonner leurs maisons, leurs métiers... pour faire place à des alliés pires que des ennemis... Les matelots enlevaient les jeunes garçons et les emmenaient esclaves sur leurs vaisseaux. Toutes ces atrocités se commettaient impunément. Barberousse, en véritable maître, ne permettait pas qu'on sonnât les cloches dans les églises...»