Une faune discrète mais remarquable
Avant d'engager les travaux sur le fort, les agents du Parc national ont réalisé des inventaires naturalistes pour identifier les espèces animales présentes et définir les mesures de protection à mettre en œuvre au cours du chantier. Les cavités, trous et fissures dans les murs sont des milieux privilégiés pour la Tarente de Maurétanie (un gecko nocturne) et pour les lézards. Ces anfrastructuosités ont donc été maintenus sur certains murs comme le rempart ou encore le parapet qui longe la terrasse.
Les murets en pierre qui longent la rampe d’accès au sous-sol ont été créés pour offrir un habitat supplémentaire à ces espèces.
Un nid de Faucon crècerelle a été découvert dans la falaise sous la terrasse. La période des travaux a donc été adaptée pour éviter le dérangement des oiseaux à une période très sensible pour les parents et les oisillons.
Des nichoirs à hirondelles et chauves-souris ont été installés et l’éclairage du fort limité pour ne pas déranger la faune nocturne, comme les chauves-souris qui viennent chasser ici la nuit.
Une flore protégée
Devant le fort, des inventaires botaniques ont été réalisés avant la restauration du fort qui ont permis d'identifier les plantes littorales présentes et de les protéger par des clôtures pour éviter piétinement et destruction pendant les travaux. On y trouve en particulier deux espèces protégées par la loi, le Statice nain (Limonium pseudominutum) et le Plantain en alène (Plantago subulata).
Dans le fort, jardinière, parapet : Afin de conserver des témoins des systèmes naturels en place, de larges secteurs ont été soustraits à l'emprise des travaux, et toutes les espèces, plantes, insectes du sol et mollusques (escargots) préservées. Ils permettront ensuite une recolonisation plus rapide de l'espace par le vivant.
Dans le fort, jardinière, parapet, ou chemin de ronde ouest : Plusieurs campagnes de collecte de graines ont été organisées pour permettre après travaux des réensemencements par la flore originelle.
Dans le fort, devant la poudrière : Une petite population de Statice nain (Limonium pseudominutum), plante littorale rare et protégée par la loi s'était implantée dans le fort. Une transplantation autorisée par le Ministère de l'Environnement a été réalisée au sein du fort pour mettre la plante à l'abri d'une destruction inévitable pendant le chantier.