Le Parc national de Port-Cros assure la gestion des lagunes de l'île de Porquerolles, essentielles à la réutilisation des eaux usées traitées (REUT). Ces lagunes, en complément de la station d'épuration, améliorent encore la qualité de l'eau pour l'irrigation des vergers de collection du Conservatoire Botanique National Méditerranéen. Elles sont au nombre de trois et l'eau les parcourt successivement sur une durée proche du mois. Les fonctions des trois bassins sont différentes et sont notamment liées à leurs profondeurs et à la disposition des végétaux présents.
Ce site existe depuis 40 ans, il est l’un des premiers aménagés pour la REUT en France. Il constitue donc un site de référence suivi de près par l’INRAE, la Société du Canal de Provence et le CEREMA (Centre d’Etude et d’expertise sur les Risques, l’Environnement, la Mobilité et l’Aménagement).
Pour maintenir la performance du site, le Parc national a engagé des opérations de curage des dépôts et de faucardage de la végétation sur la lagune centrale.
Au préalable, une opération de régulation des lentilles d'eau avait été menée afin de remettre à niveau l'action désinfectante des UV solaires sur la masse d'eau de la première lagune.
Les travaux de curage qui ont démarré à la mi-décembre 2024 se prolongeront jusque début mars. Cette période hivernale permet de limiter les impacts sur les populations d’oiseaux migrateurs et nicheurs du site.
Les sédiments organiques extraits, estimés à 150 m³ (400 m³ sur dix ans pour l'ensemble des lagunes), seront valorisés localement. Pour ce curage, les boues seront épandues comme terre végétale en couverture de l'ancienne décharge des Mèdes, dans le cadre d'une opération de renaturation concomitante.
Ces sédiments seront stockés pendant quelques mois près de la lagune, afin qu’ils se ressuient avant d’être utilisés à l’automne.
Par ailleurs, les cinq ouvrages maçonnés de régulation des niveaux d'eau seront remis en état. Constitués notamment par des batardeaux en bois, ces seuils seront refaits avec des bois locaux travaillés par les agents du Parc national.