Le Parc national de Port-Cros inscrit son action dans une dynamique de coopération, à toutes les échelles. Sur le territoire, il noue des partenariats thématiques avec les acteurs locaux, notamment les communes adhérentes à la charte du Parc national. Au niveau national et méditerranéen, il s'implique dans des réseaux de coopération tels que MedPAN, le réseau écologique Natura 2000, l'initiative PIM (Petites Îles de Méditerranée) ou encore le Sanctuaire Pelagos. Enfin, il mobilise des projets européens, développe la coopération internationale et s'appuie sur des mécènes engagés à ses côtés pour accompagner ses actions en faveur du développement durable du territoire.