58 agents travaillent directement pour le Parc national : plus de la moitié d'entre eux sont affectés sur le terrain en 4 secteurs correspondant aux îles de Port-Cros, Porquerolles, la presqu'île de Giens à Hyères et le Cap Lardier à la Croix Valmer. 

Les autres agents travaillent au siège pour les relations aux publics, la gestion technique, scientifique, administrative et financière de l'établissement.

L'organigramme intègre également les 28 agents du Conservatoire botanique national Méditerranéen, organisme national spécialisé dans la flore méditerranéenne, rattaché au Parc national de Port-Cros qui en assure la gestion administrative et financière.