Le Parc de Port-Cros gère ce patrimoine soit en tant que propriétaire, soit dans le cadre de la convention de gestion des sites du Conservatoire du littoral. L’établissement a gardé la gestion opérationnelle pour les plus importants : le fort de l’Estissac et le fort du Moulin à Port-Cros, Sainte-Agathe à Porquerolles et le Pradeau à la Tour fondue (presqu’île de Giens).

Seul monument historique classé de l’archipel des îles d’Hyères, le fort du Moulin a fait l’objet d’une restauration complète initiée par le Parc national en 2012. Le chantier qui s’est déroulé de 2017 à 2020 a bénéficié du soutien financier de la Drac (Direction régionale des affaires culturelles), de la Région Sud et de dotations exceptionnelles du ministère de l’Écologie.

Cette restauration a intégré une démarche écoresponsable, à la fois dans la gestion du chantier, les matériaux employés et les aménagements. 

La vocation du fort du Moulin est aujourd’hui d’accueillir des réunions, conférences et séminaires organisés par l’établissement et ses partenaires.

La coupole du fort Sainte-Agathe à Porquerolles a également été restaurée dans le cadre d’un partenariat avec la fondation Carmignac afin que l’édifice puisse accueillir des œuvres d’art contemporain.

Depuis novembre 2022, le Parc national a sa vitrine, son vaisseau amiral : le fort du Pradeau. 

Situé à la Tour fondue (presqu’île de Giens), port d’embarquement à destination de Porquerolles, le fort du Pradeau a ouvert ses portes au public après quinze années d’études, de réflexion et de travaux. Le Parc national a décidé de restaurer ce patrimoine historique et culturel exceptionnel et de l’aménager en vue d’en faire un espace de découverte de son territoire. 

La visite du site est ainsi une expérience en forme d’immersion qui a été conçue pour être accessible à tous et qui a pour ambition d’attirer le public sur une large période autour de la saison estivale. Cet espace original, constitue la porte d’entrée sur le territoire du Parc national de Port-Cros.

Le Parc national de Port-Cros a officiellement inauguré le 26 juin 2025 la réhabilitation du site du Hameau de Porquerolles. Ce site a été totalement rénové grâce au plan de relance. Il a fait l’objet d’un ambitieux programme de transition énergétique. Les bâtiments désormais autonomes en énergie, illustrent parfaitement la conciliation possible entre réutilisation du bâti, préservation des sites protégés et développement des énergies renouvelables.

Le Hameau de Porquerolles abrite les bureaux et le matériel du Parc national, le Conservatoire botanique méditerranéen et les activités liées à la préservation du patrimoine agricole de l'île.