Les premières recherches menées sur le territoire du Parc national ont principalement consisté à recenser les espèces animales et végétales et à cartographier les milieux naturels.

Ce travail se poursuit aujourd’hui, notamment à travers le programme Stoechas, consacré à la biodiversité terrestre. Il permet d’enrichir les connaissances sur les espèces et leurs habitats.

Le Parc national réalise régulièrement des suivis scientifiques selon des méthodes précises et reproductibles. Ils permettent d'observer l'évolution des espèces et des milieux naturels, de détecter d'éventuels changements et, dans certains cas, d'en rechercher les causes afin d'orienter les mesures de gestion permettant leur conservation.

Parmi les exemples emblématiques figurent les suivis du mérou brun, du corb, des populations de puffin yelkouan et de Scopoli, de la Romulée de Florent, de la Dauphinelle de Requien (espèce endémique des îles d'Hyères) et de certains habitats terrestres ou encore des herbiers de posidonie.

Certains de ces suivis sont menés depuis plusieurs décennies. Ces séries longues de données sont particulièrement précieuses pour comprendre les évolutions à long terme et évaluer les effets des mesures de protection.

Les études scientifiques permettent également de mieux comprendre les effets des activités humaines sur les milieux naturels : pêche, mouillage des bateaux, plongée sous-marine ou fréquentation touristique.

Leurs résultats aident le Parc national à définir et à adapter ses actions de gestion, à préserver les espèces et leurs habitats et à évaluer l'efficacité des mesures mises en place.

Ces travaux, réalisés par les agents du Parc national et de nombreux partenaires scientifiques, contribuent aussi à enrichir les connaissances utiles à la gestion d'autres espaces naturels protégés.

Les données recueillies sont progressivement organisées dans des outils dédiés afin de faciliter leur exploitation et leur partage.