Le coralligène constitue l'un des habitats les plus riches mais aussi les plus fragiles de Méditerranée.

Malgré son nom, le coralligène n'est pas fait de corail. ses bâtisseurs sont des végétaux, les algues rouges calcaires. Elles puisent le calcaire dans l'eau de mer et l'intègrent à leurs tissus, ce qui leur donne leur rigidité et leur permet d'édifier peu à peu de grands massifs. Elles se développent dans des eaux relativement calmes et peu éclairées.

Cette construction est d'une lenteur extrême : moins d'un millimètre par an. Il faut plusieurs milliers d'années pour atteindre un mètre d'épaisseur, et certains massifs datent de l'époque glaciaire. Dans le même temps, d'autres organismes, comme les oursins violets et les éponges perforantes, érodent la roche. Le coralligène naît de l'équilibre entre ces deux processus, la bio-construction et la bio-érosion. Il en résulte des massifs très découpés, aux nombreuses cavités, et très fragiles.

Le coralligène est le deuxième écosystème le plus riche de Méditerranée, après l'herbier de posidonie.

La gorgone rouge en est l'une des espèces emblématiques. Endémique de Méditerranée, elle est constituée d'un squelette calcaire sur lequel se fixent de petits polypes qui capturent le plancton. Elle s'oriente perpendiculairement au courant pour filtrer l'eau. Elle grandit de 1 à 3 cm par an, peut dépasser 50 ans et affectionne les tombants rocheux jusqu'à 100 m de profondeur. Sur certains tombants, les gorgones forment de véritables forêts.

Dans le parc national de Port-Cros, le coralligène est en bon état mais il reste cependant sensible à des pressions qui dépassent les limites du Parc national. Le changement climatique et les épisodes de forte chaleur peuvent provoquer des mortalités massives de gorgones et d'éponges dans les sites les moins profonds. Des algues introduites en Méditerranée recouvrent par endroits de grandes surfaces, avec des effets à long terme encore incertains. La fréquentation par les plongeurs peut également avoir un impact sur le milieu.